داستان این فیلم در اثنای سال 0097 عصر کیهانی و تنها یک سال پس از باز شدن «جعبه لاپلاس» اتفاق می افتد. برخلاف ملزومات منشورعصر کیهانی درباره احترام به حقوق نیوتایپ ها، بازخورد های جهانی در باب این مسئله دچار تغییر چندانی نشده است. البته باور بر این است که پس از سقوط کامل قوای «نئو زئون» - یا همان اسلیو ها - کشمکش های ناشی از حادثه لاپلاس به پایان رسیده باشد. در مبارزه نهایی این حادثه دو موبایل سویت تمام "سایکو فریم" به قدرت نمایی از توانایی هایی پرداختند که خارج از قوه درک بشر بود. گاندام های تک شاخ سفید و شیر سیاه نیز به همین دلیل از دید عموم مخفی شدند و پس از گذشت سال ها این انتظار میرفت تا به کلی فراموش شده باشند. اما گاندام تک شاخ RX-0 شماره 3 بعد از دو سال ناپدید شدن برای بار دیگر به کره زمین باز میگردد؛ این بار در شمایل یک ففنوس طلایی به نام «فنیکس».